Занимаясь научной деятельностью, К. Габлиц успешно продвигался по службе. В 1786 году ученый стал владельцем пожалованных ему сада под Судаком и дачи в Чоргуне (Чернореченское). В феврале 1788 года Карла Ивановича назначили поручиком (помощником) правителя области. В отсутствие В. В. Коховского он в течение пяти месяцев исполнял его обязанности, равные губернаторским. Оставаться за правителя области Карлу Ивановичу доводилось также в 1793 и последующих годах. В 1794-м К. Габлиц провожал в экспедицию по Крыму академика П. С. Палласа. В дальнейшем судьба ученного складывалась также благополучно. В 1796 году К. И. Габлиц был избран Почетным членом Российской Академии наук, в 1802 году его назначили главным директором государственных лесов лесного департамента при министерстве финансов. При Карле Ивановиче открылись первые в России лесные школы в Царском Селе под Петербургом (1803 год) и в городе Козельске Калужской области (1805 год).